Enjeksiyon ve bitişik bölgelerde bölgesel şişlik, kızarıklık, morarma ve ağrı görülebilir. Küçük çaplı bir iğne kullanmak ve yüzeysel damarlara çok dikkat etmek, özellikle kaz ayakları için yapılan bölgesel morlukları sınırlayabilir. Soğuk uygulama ağrıyı ve morarmayı azaltabilir. Botoxa bağlı alerji nadirdir. Asimetri yaygın bir komplikasyondur ve genellikle enjektör yerleşiminden veya hastanın kaslarının anatomik farklılıklarından kaynaklanır. Uzay yolu filmindeki Mr Spock gibi kaşlar, alın ortasındaki kaşların botox ile hareketsizliği buna karşı alının yan kısımlarındaki kasların aktivitesinden kaynaklanan dengesizliğe bağlı olarak ortaya çıkan yaygın bir asimetridir.
Botox, sinir uçlarından asetil kolin adlı maddenin salınmasını engelleyerek istenilen kasları hareketsiz bırakır. Botox tedavisinin amacı belirli kasların seçilerek hareketsiz bırakılmasıdır. Ancak komşu veya diğer kasların hareketsiz kalması komplikasyonlara yol açabilir.
Kaş düşmesi: Botox ile yatay alın çizgilerini tedavi edilirken görülen bir komplikasyondur. Bu komplikasyondan korunmak için kaşın 1.5-2 cm yukarısında kalınarak botox yapılmalıdır. Bu şekilde, inferior frontalis kası korunarak kaş düşmesi önlenebilir. Ayrıca alındaki kırışıklıklar tedavi edilirken mutlaka kaş arasındaki öğretmen çizgileri de tedavi edilmelidir. Bu yapılmazsa kaş arasındaki kaslar çalışmaya devam edip kaş düşüklüğüne yol açabilirler.
Göz Kapağı düşmesi: kaş arasına verilen botox orbital septum denilen yapıdan geçerek göz kapaklarını kaldıran Levator palpedra superior kasını etkileyebilir. Aynı kası, kaş ortasına ve göz kapaklarına çok yakın yapılan botox da etkileyip , hareketsiz bırakıp göz kapağı düşmesine neden olabilir. Göz kapaklarında çok fazla deri sarkması olan hastalarda göz kapaklarını açmak için Levator kasına ek olarak alın alt kısmındaki frontalis kaslarını da kullanabilirler bu kaslar eğer botox ile hareketsiz bırakılırsa bu kişilerde kapak düşüklüğü olabilir.
Göz kapağının dışarı bükülmesi (ektropiyon), çift görme(diplopi), göz kuruluğu (kseroftalmi) ve gözlerin açık kalması (lagoftalmi) gibi komplikasyonlar kaz ayakları için göz kenarına yapılan yüksek miktarlardaki botox sonrası oluşabilir. Alt göz kapağını asan kasların aşırı miktarda botox ile hareketsiz kalması kapağın dışa bükülmesine, üst göz kapağının dış kısmının derinine çok miktarda botox uygulanması göz yaşı bezinin salgısının durmasına ve göz kuruluğuna, yine gözün yan kısmına derin dokulara çok miktarda botox lateral rektus kasının ve diğer göz içi kasların çalışmasını etkileyebilir ve çift görmeye neden olabilir. Göz kapağını çok kenarına yapılan yüksek miktarda botox palpedral kısmını hareketsiz bırakarak gözlerin açık kalmasına neden olabilir.
Botoxun elmacık kemiğinin üst kenarının altına veya burun yan duvarları boyunca çok aşağıya enjekte edilince üst dudakları kaldıran kasları yani levator labii superioris alaeque nasi ve levator labii superiorisi hareketsiz bırakması sonucunda dudak sarkması ve dudaklarda asimetri görülebilir.
Yine üst dudaklarda sigara içenlerde daha sık gözlenen barkot çizgilerinin aşırı miktarda botox ile tedavisi edilmeye çalışılması sonrasında , belirli harfleri oluşturamama, farklı sesleri telaffuz edememe gibi birçok farklı olumsuz fonksiyonel değişik görülebilir. Dudaklar kapanamayabilir, bu da ağızdan sıvı ve hatta katı gıda kaçmasına ve salya akmasına neden olabilir.
Boyundaki yatay kırışıklıkların ve dikey bantların botoxla tedavisi çok güvenlidir, ancak yanlış teknik nedeniyle komplikasyonlar ortaya çıkabilir. Yutma kasları, konuşma kasları ve boyunu büken kaslar yüksek dozlardan ve derin enjeksiyonlardan etkilenebilir. Yutma güçlüğü , ses kısıklığı ve boyun zayıflığı nadirde olsa gözlenebilir.